박영아 국회의원(한나라당·송파갑)은 23일 국회 교육과학기술위원회의 교육과학기술부에 대한 종합 국정감사에서 “한해 6000억원의 예산을 쓰는 KAIST가 과학기술 발전과 이공계 우수인력 양성이라는 국민적 기대와 믿음을 저버리고, 방만한 자금 운영과 변칙적인 결산에 따른 분식회계 의혹 등 총체적인 도덕적 해이와 부실경영에 빠져 있음이 확인됐다”고 밝혔다.
 
박 의원에 따르면 KAIST는 자금운용 규정도 없이 투기적으로 자금을 운영해 대규모 손실을 자초했으며, 75억 흑자가 발생했다고 한 2007년도 결산내역을 살펴보면 현금 및 단기투자자산 중 평가손익의 차익 33억을 포함 121억원의 수입이자가 발생했다고 했으나, 이는 장기투자증권의 평가손실 58억원을 누락한 것이다.

또한 07년도 장기투자증권으로 분류한 자산 199억원을, 08년도에는 단기투자자산으로 평갇처리하는 등 회계처리 기준도 들쭉날쭉이었다.

08년도에는 새 회계기준에 의한 대차대조표를 작성하면서 308억원의 손실을 강제 자본조정하고, 손익계산서상에는 242억원의 평가손실이 발생한 것으로 발표했지만, 재무제표상의 평가손실 315억원과 처분손실 49억원을 합치면 실제 손실은 364억원이 되어 손익계산서상의 손실액 242억과의 차이가 무려 122억원에 달하는 것으로 드러났다.

이와 관련, 박 의원은 “KAIST에 대해 회계감사를 포함한 감사원의 특별감사를 청구하고, 분식회계를 도운 회계법인을 금감원에 통보해 공인회계사법 등의 위반에 책임을 물을 수 있도록 조치할 것을 교과부에 요청했다.

한편 KAIST는 고등교육기관인 대학으로 국내외에서 평가받고 있으나, 법적으로는 1973년 최초 제정된 특정연구기관 육성법에 따른 구 과학기술부 산하 연구기관으로 정부출연금을 받아 운영되고 있다.